За словами сценариста Марка Лейдлоу, перші два роки команда створювала концепти для Half-Life 2, що мало нагадували сюжет першої частини. Спочатку на Землю мали вторгнутися три види прибульців, а саме воїни, комахи та шпигуни.
Інсектоїди зрештою потрапили у фінальну версію гри у вигляді мурашиних левів, але їхня роль мала бути набагато масштабнішою.
Ігровий світ також задумували ширшим. Окрім Сіті 17, який створювали на основі Праги, Парижа та Софії, розробники планували додати Єрусалим, Лос-Анджелес, Чикаго та інші локації. Деякі з них, наприклад, арктична база та підводний комплекс, не дійшли до релізу.
Один із вирізаних епізодів включав літак, що врізається у хмарочос, але його прибрали після трагедії 11 вересня 2001 року.
Крім того, планувалося додати рівень на кораблі-криголамі, але після того, як розробників звозили подивитися на справжній криголам, вони відмовилися від ідеї, коли стало зрозуміло, що така локація не підходить для динамічних перестрілок.
Програміст Девід Спреер вважає, що Valve будувала всі ці нездійсненні плани через "тривогу другокурсника".
Перша Half-Life вже була проривом свого часу і розробники хотіли зробити ще більш революційну гру. До того ж, керівництво студії, зокрема Гейб Ньюелл, постійно нагадувало про важливість продовження: "Гейб весь час запитував - Як там Half-Life?" – каже Девід Спреер.
Нагадаємо, Valve оновила Half-Life 2 та випустила документальний фільм.